《苹果核战记》角色设定方面是参考希腊神话。2131年，毁灭整个世界的非核大战终于落幕。从战中生还的士兵迪娜·纳兹，在身体几乎都已机械化的布里艾诺斯与神秘女子瞳的带领下，来到了和平都市“奥林帕斯”。“奥林帕斯”是个由比人类更不具备攻击性、且无繁殖能力的优良品种生化人与人类共存的都市，大家以为人类与生化人在奥林帕斯中能保持势力的均衡，没想到两者的对立却日渐激烈，最后连迪娜与布里艾诺斯都被卷入这场为了争夺“APPLESEED”的争斗之中。